Dalam Kasyf Al-Asrar, buku yang ditulisnya pada 1945, untuk menjawab tuduhan-tuduhan pada Syi’ah,  dia tidak hanya menhimpun ayat-ayat, hadis-hadis dan argumentasi rasional, tetapi juga merujuk kepada para ahli hikmah dan irfan seperti Ibnu Sina, Suhrawardi, Mulla Shadra dan dalam buku yang sama, ia mulai pula memperkenalkan pemikirannya yang belakangan termashur sebagai sistem wilayah al-faqih.

 Uji utama pertamanya – dan rasa politik pertama yang sesungguhnya – tiba pada 1962 saat pemerintahan Shah berhasil mendapatkan RUU yang mencurahkan beberapa kekuasaan pada dewan provinsi dan kota, yang akhirnya menimbulkan kekacauan. Sejumlah pengikut Islam keberatan pada perwakilan yang baru dipilih dan tak diwajibkan bersumpah pada Al-Qur’an namun pada tiap teks suci yang dipilihnya. Khomeini menggunakan  ini dan mengatur pemogokan di seluruh negara yang menimbulkan penolakan pada RUU itu.

Khomeini menggunakan posisi yang kuat ini untuk menyampaikan khotbah dari Faiziyveh School yang mendakwa negara berkolusi dengan Israel dan mencoba “mendiskreditkan al-Qur-an.” Penangkapannya yang tak terelakkan oleh polisi rahasia Iran, SAVAK, memancing kerusuhan besar-besaran dan reaksi kekerasan oleh pihak keamanan yang mengakibatkan kematian ribuan orang.

Khomeini terus berusaha selama tahun-tahun berikutnya dan pada peringatan pertama kerusuhan pasukan Shah bergerak ke kota Qom, menahan Imam sebelum mengirimnya ke pembuangan di Turki. Ia tinggal sebentar di sana selama sebelum pindah ke Irak di mana melanjutkan pergolakan untuk jatuhnya rezim Shah. Ketika masih tinggal di pengasinannya d Najaf, pada 1972, Ayatullah Khomeini menjalankan tugas untuk mendidik murid-muridnya dalam hal akhlak dan keruhanian dengan memberikan kliah “Jihad Besar” yakni perang melawan hawa nafsu. Dalam bukunya 40 hadis, dia membahas soal irfan ini secara panjang lebar dengan menerangkan bahwa pertemuan dengan Allah bukanlah bagian dari pengetahuan rasional tentang esensi ilahi, melainkan “suatu penyaksian (syuhud) irfani yang menyeluruh yang dicapai lewat penglihatan batin (bashirah). Artinya , Ayatullah Khomeini menganggap dengan kematian, para syuhada telah menyibak “hijab-hijab (yng menutupi) cahaya demi mencapai sumber keagungan (Allah, Swt).

 Pada 1978 pemerintahan Shah meminta Irak untuk mengusirnya dari Najaf, lalu ia menuju Paris selama sementara profilnya berkembang sebagai refleksi langsung kejatuhan Shah. Kembalinya Khomeini ke Iran dan ‘Permulaan Revolusi Islamnya’ mendapat sambutan ratusan ribu rakyatnya di bandara dan ribuan lebih lanjut yang berjajar sepanjang jalan menuju  Teheran. Ayatollah  didukung secara luas oleh para pelajar dan tokoh-tokoh Islam sebagai salah satu marja taklid dan  pertama kali mencuatkan wacana wilayah al-faqih sebagai konsep kepemimpinan Islam serta menjadikannya sebagai mata kuliah untuk level bahts kharij (tingkat lanjut).

Pada tanggal 3 Juni 1989, pemimpin besar Revolusi Islam Iran ini memenuhi panggilan Tuhannya. Jutaan rakyat Iran mengantarnya ke peristirahatan yang terakhir di dekat pemakaman Behesyte Zahra, selatan Teheran. Sementara itu, puluhan juta para pencintanya di seluruh dunia berkabung dan menangisi kepergiannya.

Beliau meninggalkan empat orang anak, yakni sayyid Ahmad Khomeini (yang wafat beberapa tahun kemudian), Shiddiqah Mushthafawi, Farida Mushthafawi dan Dr. Zahra Mushthafawi (dosen filsafat Universitas Teheran).